ルーピンの最初の授業で登場するボガート。人が、一番怖いと思っているものに姿を変える形態模写妖怪です。ちなみにネビルのボガートはスネイプでした。
ローリングさんがインタビューで、スネイプのボガートとパトローナスは何かとの質問に「すごいネタばれになるから教えられない」と言っています。今後この二つは明らかにされそうです。

では、スネイプが一番恐れているものとは何なのでしょう。30代の男性が蜘蛛のような生物や妖怪の類を恐れているとは思えません。ウィーズリー夫人のように愛する人の死でしょうか。それともその名を口にすることができない闇の帝王ヴォルデモートでしょうか。

そもそも、スネイプは「愛する人」などいる（いた）のでしょうか。
恋人がいたかどうかは難しいところです。４巻にでてきた『フローレンスとキスをしているところを見られてからかわれたためにバーサ・ジョーキンズに呪いをかけた少年』がスネイプとの説もありますが。
5巻ではスネイプの子供時代を垣間見ることができました。父親らしき人物が母親らしき人物に対して怒鳴っている部屋の隅で泣いていた幼いスネイプ。両親か、少なくとも母親のことは愛していたように思います。愛していなければこのような場面で悲しく思うはずはないですから。
また、ローリングさんはスネイプにはセストラルが見えるかという問いに対し、ホグワーツの年長者なら誰でも見ることはできるのではないかとした上で「見える」と答えています。スネイプは、母親を失った体験があるのではないでしょうか。

ヴォルデモートはどうでしょう。
５巻での閉心術の課外授業の際、ヴォルデモートの名を口にするハリーに向かって「闇の帝王の名前を言うな！」と言い、更に「あの方（ダンブルドア）なら名前を言っても安心していられるだろうが・・・・その他の者は・・・・」（5巻24章ｐ.180）と言っています。
非常に恐れているようです。
3巻でルーピンはヴォルデモートの名を口にし、ハリーが驚く場面があります。ルーピンに比べて臆病だという訳ではなく、スネイプが死喰い人にしかわからない非常に恐ろしい体験をしたからではないかと思います。あるいは、裏切ったために命を狙われているからとか、現在行っている極秘任務がらみなのか。
いずれにしてもスネイプ程の人物がその名を口にできないヴォルデモートはスネイプの最も恐れているものの可能性があると思います。

以上のことから、スネイプのボガートは母親を失った場面の再現か、ヴォルデモート自身ではないかと私は想像しています。